一百年前，神奇寶貝們在沙漠之城的“迪沙陸市”爆發戰爭，遭到嚴重破壞，據說此戰由一隻神奇寶貝發端，但某人封印這隻神奇寶貝，此都其後東山再起。 為了成為神奇寶貝大師，小智一行人繼續著旅行。旅途中，他們到達了沙漠之中的神奇寶貝中心。正在吃著甜甜圈休息的時候，背後出現了謎之光輪。接著從光輪中伸出了手，奪走了甜甜圈，小智與皮卡丘緊緊抓住這隻手，然後他們被吸入了光輪。就這樣光輪消失了，留下了呆住的莎莉娜、希特隆和柚麗嘉…。 從光輪中飛出了小智與皮卡丘。小智對景色突然的變化感到困惑。遠方可以看到很大的塔，小智與皮卡丘原來通過光輪，瞬間移動到了這次旅行的目的地迪沙陸市。兩位就遇到來自阿爾刻之谷的少女瑪黎，胡巴就開始使種東西“出現”。喜歡惡作劇的胡巴把小智和皮卡丘稱呼為“小痴”和“皮喀”，不過他們之後成為好朋友。 抵達迪沙陸市時，小智他們跟瑪黎的哥哥巴爾札相遇，他手上...